百年桜市。そこは、本来物理的にあり得ない筈の巨大な桜『百年桜（おうか）』が中央にそびえる地方都市。
高校進学を機に単身この町に越してきた桜月黎は、進学先の高大一貫校『百年桜学園』の敷地内を散策中、自称電子の妖精イオと出会う。
イオは「世界を脅かす存在『ヌル』の蒐集を手伝ってほしい」と頼むが──黎は自分の気が狂ってしまったのだろうと解釈して相手にしなかった。
しかし幸か不幸か、イオの言葉通りに黎の周りで様々な怪異が発生するようになる。
無視し切れなくなった黎は渋々ながら、イオに協力せざるを得なくなっていったのだった。
もう一人の自分。
